Ortada bir sorun yok sanırım. Yanlış konumlarda yanlış komutları deniyorsunuz.
gmake clean .../src içinde çalışır.
gmake all ../Server dizininde çalışır.
Yapmanız gereken şey;
.../src/ içine girip gmake clean ve gmake yazmanız.
Ya da:
.../Server/ dizinine girip gmake all yazmanız yeterli.